I 1929 købte direktøren for Palladium Film, Svend Nielsen, Flynderupgård, som blev anvendt som kulisse i flere af hans film. Under 2. verdenskrig blev Palladiums råfilm gemt i stengrotten på en udsigtshøj vest for hovedbygningen. Landsretssagfører Chr. Frederiksen købte gården i 1944. Hans søn Mogens bestyrede gården, som nu var på 129 hektar.
I perioden fra 1966-1978 begynder ejeren at sælge jord fra til parcelhusekvarteret i Espergærde. Der er også opstaldet væddeløbsheste på Flynderupgård og i kælderen under Den gamle gård blev der indrettet en smugkro i ægte bodega western stil.
I 1978 solgtes Flynderupgård til Helsingør Kommune.
Igennem tiderne har Flynderupgård haft 18 borgerlige ejere. De fleste af disse havde ingen landbrugsmæssig uddannelse, men ansatte bestyrere til den daglige drift. Derfor kaldes Flynderupgård en lystgård.